功能性红曲的发酵工艺相对复杂一些：首先菌种要筛选，并且要经过一定条件的培养、驯化和复壮等；大米粉碎到一定细度，经过高温高压灭菌才能接种(过程还要保证无菌操作)，然后在小容器中非敞口发酵(有个高低温的控制过程)，达到工艺发酵时间后即可出料，经烘干即可得功能性红曲。其产品价格以内含的Monacolin-K的高低而定。

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